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知識(shí)分享丨一文了解測(cè)序技術(shù)發(fā)展史

發(fā)布時(shí)間:2023-06-14
簡(jiǎn)單介紹測(cè)序技術(shù)發(fā)展史,比較一二三代測(cè)序技術(shù)在不斷的發(fā)展中都存在的優(yōu)勢(shì)和不足。


Sanger測(cè)序技術(shù)


     一代測(cè)序,又稱Sanger測(cè)序,是由Sanger教授于1975年發(fā)明的一種稱為鏈終止法的技術(shù),用來測(cè)定DNA序列,這種方法也稱做“雙脫氧終止法”或是“桑格法”。其核心原理是采用ddNTP取代dNTP,在合成核酸鏈的過程中ddNTP無法形成磷酸二酯鍵,從而導(dǎo)致DNA合成反應(yīng)中斷。對(duì)每個(gè)ddNTP進(jìn)行熒光標(biāo)記,產(chǎn)生以A、T、C、G結(jié)束的四組不同長(zhǎng)度的一系列核苷酸,然后通過毛細(xì)管電泳進(jìn)行分離,通過檢測(cè)熒光信號(hào)獲得DNA序列。


       一代測(cè)序最大的優(yōu)勢(shì)就在于它具有較高的準(zhǔn)確性,被稱為測(cè)序行業(yè)的“金標(biāo)準(zhǔn)”,但同時(shí)受限于通量低,對(duì)于大樣本的測(cè)序成本較高。目前一代測(cè)序主要應(yīng)用于少量DNA分子測(cè)序?qū)嶒?yàn)。如對(duì)質(zhì)粒、PCR產(chǎn)物、單基因突變致病基因位點(diǎn)明確。







NGS測(cè)序技術(shù)

       

       二代DNA測(cè)序技術(shù)又稱下一代測(cè)序技術(shù)(Next-generation sequencing,NGS),是第一代測(cè)序技術(shù)的劃時(shí)代變革的核心。二代測(cè)序相對(duì)于第一代測(cè)序的最大優(yōu)勢(shì)就是高通量,適合于大樣本測(cè)序數(shù)據(jù)的應(yīng)用,所以也稱為高通量測(cè)序(High-throughput sequencing)。


      NGS技術(shù)可以實(shí)現(xiàn)多基因大規(guī)模平行測(cè)序,可以從根本上解決單基因遺傳病因異質(zhì)性、基因多、表型復(fù)雜造成診斷難的實(shí)際問題。NGS實(shí)驗(yàn)流程是一個(gè)文庫制備→捕獲→測(cè)序→數(shù)據(jù)分析的過程,是現(xiàn)行最主要的測(cè)序技術(shù)。


      NGS技術(shù)因其高效和低廉的單堿基測(cè)序成本為臨床應(yīng)用提供了不可估量的前景優(yōu)勢(shì),尤其對(duì)于相對(duì)傳統(tǒng)的 Sanger 測(cè)序法其每次產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量幾乎是天文數(shù)字,加之信息科學(xué)的持續(xù)發(fā)展,使得對(duì)這樣的大數(shù)據(jù)進(jìn)行有效的處理已成為現(xiàn)實(shí)。
目前NGS技術(shù)已應(yīng)用在腫瘤相關(guān)、生殖遺傳、感染相關(guān)、科學(xué)研究等方面。







單分子測(cè)序技術(shù)

      在2011年和2014年,PacBio和Oxford Nanopore Technologies,ONT公司分別發(fā)布了新型的單分子測(cè)序技術(shù)平臺(tái),這種突破性的測(cè)序技術(shù)被成為第三代測(cè)序技術(shù)。與前兩代測(cè)序技術(shù)相比,其最大的特點(diǎn)就是單分子測(cè)序,測(cè)序過程無需進(jìn)行PCR擴(kuò)增,并且理論上可以測(cè)定無限長(zhǎng)度的核酸序列。

      第三代測(cè)序解決了二代測(cè)序讀長(zhǎng)短的技術(shù)難題,可以達(dá)到連續(xù)數(shù)十萬base測(cè)序,適用范圍廣不僅可以對(duì)DNA、RNA進(jìn)行測(cè)序,還可以觀察蛋白質(zhì)及遺傳物質(zhì)的表觀遺傳(甲基化)情況。目前第三代測(cè)序在實(shí)驗(yàn)研究領(lǐng)域取得了突破性進(jìn)展,克服了二代測(cè)序的短讀長(zhǎng)的缺陷,并且進(jìn)一步提高了通量,但是距離應(yīng)用到實(shí)際的臨床工作還有一些困難需要克服。這主要是因?yàn)槿鷾y(cè)序的準(zhǔn)確性還有待提高,成本也相對(duì)昂貴。






三代測(cè)序技術(shù)對(duì)比


      綜上所述,我們可以得出結(jié)論,一二三代測(cè)序技術(shù)在不斷的發(fā)展中都存在著各自的優(yōu)勢(shì)和不足,三代測(cè)序技術(shù)相互補(bǔ)充提高了測(cè)序的可行性,降低了測(cè)序的成本。




東盛生物針對(duì)Illumina和MGI測(cè)序平臺(tái)開發(fā)了多款NGS文庫構(gòu)建試劑盒,包括普通建庫試劑盒,酶切建庫試劑盒,快速建庫試劑盒,以及配套的接頭引物,可以快速、高效構(gòu)建NGS文庫,兼容多種樣本類型以及PCR-free工作流程,對(duì)低起始量的樣本也具有很高的建庫效率,保證測(cè)序工作的順利和成功。

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